Mikuláš Černík se zabývá spravedlivou transformací průmyslových regionů a klimatickou spravedlností. Ve své disertační práci se věnoval sociálním, environmentálním a politickým aspektům těžby uhlí v kontextu České republiky a Polska. Angažoval se v sociálních a environmentálních hnutích, mimo jiné v iniciativě Limity jsme my.