Nadace Heinrich-Böll-Stiftung provozuje zaraniční kanceláře v jižní Africe (v Kapském městě, JAR), v regionu východní afriky a afrického rohu (v Nairobi a v Keni), v Nigérii (ve městě Abuja) a v regionu severní Afriky (v Tunisu).

V Evropě provozuje nadace Heinrich-Böll-Stiftung zahraniční kanceláře v Bruselu (Belgie), Varšavě (Polsko), Praze (Česká republika), Istanbulu (Turecko), Tbilisi (Gruzie), Moskvě (Rusko), Kijevu (Ukrajina), Bělehradě (Srbsko), Sarajevu (Bosna a Hercegovina), Záhřebu (Chorvatsko) a Soluni (Řecko). Centrála nadace sídlí v Berlíně (Německo).

Na Blízkém východě a v severní Africe provozuje nadace Heinrich-Böll-Stiftung zahraniční kanceláře v Bejrútu, Ramalláhu, Tel Avivu a v Tunisu. Zároveň nadace spolupracuje na řadě projektů v Libanonu, Sýrii, Iráku, Palestině, Jordánsku, Izraeli, Egyptu a Tunisku. Aktivity nadace v Íránu jsou koordinovány z Berlína.